Samsunspor'da gösterdiği başarılı performans sonucu 1994/1995 sezonunda Fenerbahçe, Galatasaray ve Beşiktaş Ertuğrul'u transfer etmek için yarışa girdi. Ertuğrul Sağlam, bu transfer yarışının sonunda o döneme kadar transferde tutumlu davranan Beşiktaş'la anlaşarak kulübün en pahalı oyuncusu oldu. Beşiktaş'taki ilk sezonunda aşırı baskı yüzünden uzun süre bekleneni veremedi. Sezon sonuna doğru toparlanan Ertuğrul'un başarılı performansı ve 28 golü Beşiktaş'ı şampiyonluğa taşıdı. Beşiktaş formasıyla geçirdiği 6sezonda toplam 167 Lig maçı oynadı ve 103 gol attı. 

Forvet olarak oldukça başarılı olan ve pek çok önemli gole imza atan Ertuğrul Sağlam'a John Benjamin Toshack'ın takımın başına gelmesinden sonra defansta görev verilmeye başladı. Daha sonra tekrar forvete dönmesine rağmen ilk sezondaki performasnı yakalayamadı. 

2000/2001 sezonunda Beşiktaş'ın yönetimine geçen Serdar Bilgili yönetiminin ilk transfer adımlarından biri olarak Samsunsporlu Erman Güraçar'la takas eldidi. 2003 yılı sonunda futbolu Samsunspor'da bıraktı. 250'in üzerinde maça çıktı ve 125 gol attı.

İlk defa 27 Ekim 1993'de Polonya'ya karşı A milli olan Ertuğrul Sağlam, 26 kez A Milli Takım forması giydi. Bu maçlarda toplam 11 gole de imzasını attı.

Aktif futbol hayatından sonra antrenör olarak görev yapmaya başladı. Gigi Multescu ve Erdoğan Arıca'nın yardımcılığını yaptı. 2004/2005 sezonunda Samsunspor'un başına geçti. Bir sene sonra Kayserispor teknik direktörlüğüne getirildi. Kayserispor ile oldukça başarılı bir dönem geçirerek Şampiyonlar Ligi'nin resmi dergisi olan Champions'un gelecek vaat eden 20 teknik direktörden biri olarak gösterildi.

Mayıs 2007 sonunda Beşiktaş ile anlaşarak 2007/2008 sezonu için bu takımın başına geçti. Sezon 7 .hafta Beşiktaş tan görevden ayrıldı ve 2008-2009 sezonunda Bursaspor'da görev yapmaya başladı.